Las nueve escuelas de la Bujinkan 1 - Gyokko-ryū Kosshijutsu (玉虎流骨指術) es de origen chino y se difundió en la provincia de Iga. 2 - Kotō-ryū Koppōjutsu (虎倒流骨法術) también de origen chino se difundió paralelamente con Gyokko-ryū. 3 - Shinden Fudō-ryū Dakentaijutsu (神伝不動流打拳体術) se dice que esta escuela fue el origen del Iaido. 4 - Takagi Yōshin-ryū Jūtaijutsu (高木揚心流柔体術) en esta escuela se especializaban los guardaespaldas. 5 - Kuki Shinden-ryū Happō Bikenjutsu (九鬼神伝流八法秘剣術) característico de esta escuela es el combate con armadura. 6 - Gikan-ryū Koppōjutsu (義鑑流骨法術) fundada por Uryu Gikanbo. 7 - Togakure-ryū Ninpō (戸隠流忍法) Introducida en Japón por Daisuke Nishina en la ciudad de Togakure(Togakushi) 8 - Gyokushin-ryū Ninpō (玉心流忍法) fundada por Goemon Teruyoshi. 9 - Kumogakure-ryū Ninpō (雲隠流忍法) en el Densho de esta escuela se hace mención de un ninja llamado Sarutobi Sasuke que usaba un Kama-Yari para saltar de árbol en árbol.