Las nueve escuelas de la Bujinkan
1 - Gyokko-ryū Kosshijutsu (玉虎流骨指術)
es de origen chino y se difundió en la provincia de Iga.
2 - Kotō-ryū Koppōjutsu (虎倒流骨法術)
también de origen chino se difundió paralelamente con Gyokko-ryū.
3 - Shinden Fudō-ryū Dakentaijutsu (神伝不動流打拳体術)
se dice que esta escuela fue el origen del Iaido.
4 - Takagi Yōshin-ryū Jūtaijutsu (高木揚心流柔体術)
en esta escuela se especializaban los guardaespaldas.
5 - Kuki Shinden-ryū Happō Bikenjutsu (九鬼神伝流八法秘剣術)
característico de esta escuela es el combate con armadura.
6 - Gikan-ryū Koppōjutsu (義鑑流骨法術)
fundada por Uryu Gikanbo.
7 - Togakure-ryū Ninpō (戸隠流忍法)
Introducida en Japón por Daisuke Nishina en la ciudad de Togakure(Togakushi)
8 - Gyokushin-ryū Ninpō (玉心流忍法)
fundada por Goemon Teruyoshi.
9 - Kumogakure-ryū Ninpō (雲隠流忍法)
en el Densho de esta escuela se hace mención de un ninja llamado Sarutobi Sasuke que usaba un Kama-Yari para saltar de árbol en árbol.